Balai Pengelolaan Hutan Lestari terdiri atas : 1) Subbagian Tata Usaha; 2) Seksi Perencanaan, Pengelolaan dan Pemanfaatan Hutan Produksi dan Hutan Lindung; 3) Seksi Pemantauan dan Evaluasi Pemanfaatan Hutan Produksi dan Hutan Lindung; dan 4) Kelompok Jabatan Fungsional.
Sub Bagian Tata Usaha mempunyai tugas melaksanakan penyusunan rencana dan program, anggaran, dan pelaporan; urusan administrasi kepegawaian, keuangan, pengelolaan barang milik negara, tata persuratan, kearsipan, kerumahtanggaan, dan hubungan masyarakat; dan pengelolaan data dan informasi.
Seksi Perencanaan, Pengelolaan dan Pemanfaatan Hutan Produksi dan Hutan Lindung mempunyai tugas melaksanakan penyiapan bahan fasilitasi penyusunan rencana pengelolaan, pemanfaatan hutan; kerja sama dan kemitraan pemanfaatan hutan produksi dan hutan lindung; serta penugasan dan pengembangan profesi tenaga teknis bidang pengelolaan hutan.
Seksi Pemantauan dan Evaluasi Pemanfaatan Hutan Produksi dan Hutan Lindung mempunyai tugas melaksanakan penyiapan bahan pemantauan dan evaluasi di bidang usaha pemanfaatan hutan, iuran dan penatausahaan hasil hutan; pengolahan dan pemasaran hasil hutan; serta pemantauan dan penilaian kinerja tenaga teknis bidang pengelolaan hutan.
Kelompok Jabatan Fungsional mempunyai tugas memberikan pelayanan fungsional dalam pelaksanaan tugas dan fungsi BPHL sesuai dengan bidang keahlian dan keterampilan. Tugas, jenis dan jenjang jabatan fungsional dilaksanakan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.